学校2007年由济南市历下区主体迁入扁鹊故里--长清，现在学校三校区（含青岛中医药科学院）办学，总占地2039亩，建筑面积56万平方米。全日制在校生23000余人，其中研究生近4200人。学校图书馆馆藏图书205万册、电子图书77余万册、古籍善本近3万册，为山东省古籍重点保护单位。
学校设置17个教学机构、5个科研机构、4个教辅机构，有山东中医药大学附属医院、山东中医药大学第二附属医院、山东中医药大学附属眼科医院3所直属附属医院、20所非直属附属医院、23所教学医院，其他类实践教学基地100余处。
现有10家山东省研究生联合培养基地、18家住院医师规范化培训基地，1个国家级实验教学示范中心、1个国家级大学生校外实践教育基地。